Prva crkvaBroj katolika u Varešu se povećavao. Sakralni prostor stare crkve bio je za njih premalen. Zbog toga su fratri pozvali Ešref-efendiju da pregleda lokaciju određenu za gradnju nove crkve. Efendija je to pregledao i odobrio. Na Kapitulu koji je održan 1854.godine za nadzornika gradnje postavljen je bivši provincijal fra Ivan Kljajić. Za crkvu je odabrano izvanredno povoljno mjesto na maloj uzvišici, na tzv. Crkvenoj luci. Crkva se podizala na prostoru odvojenom od drugih zgrada. Blizu nje bio je samo župni dvor.

Gradnja je započela 20.svibnja 1854. Radovi su dobro napredovali. Župnik fra Ivo Kljajić osjećao se sretan što „sa svojim pukom pokri i namisti prostranu crkvu za onog naroda zgodu.“ Crkva je imala pravokutni tlocrt kojoj su vanjske mjere bile sljedeće: dužina 35 m, širina 18 m, visina do sljemena 19,5 m. Njen zvonik, ugrađen u pročelje, bio je visok oko 27 m. Dovršena crkva bila je blagoslovljena 29.rujna 1856.godine.

Ta crkva danas više ne postoji u ondašnjem obliku, jer je dijelom bila ugrađena u kasnije zdanje. Sačuvan je naziv Kljajićeva crkva. Pročelje crkve imalo je veliki portal, i to je bio glavni i jedini ulaz u crkvu. Nad njim je bio veliki, odozgor zaobljeni prozor, a njemu sa strane druga dva, uža i nešto niža. Blizu završetka zabata od njega se odvajao zvonik, koji je na sve četiri svoje strane imao po dva prozora, a na vrhu je bio krov u obliku četverostrane piramide. Crkva je bila pokrivena šindrom, a kroz nju su se na obje strane probijala po tri prozorčića u obliku badža. S bočnih strana dizao se zid  s dva reda po pet polukružno završnih prozora. Unutrašnjost crkve bila je podijeljena stupovima na tri lađe. Svetište je zauzimalo prvo polje lađe i bilo je vrlo skromno. Iza zadnjih dvaju stupova protezala se pred apsidom nekakva pregrada. Uz tu pregradu u sredini, bio je postavljne glavni oltar sa skromnom četverokutnom retabulom, a sa strana dvoja vrata vode u apsidu, koja je tako pretvorena u sakristiju. Ispred lijevog oltara, u bočnoj lađi stajala je propovjedaonica koja se uzdizala na uskom stupu.

Crkvu je 1869.godine preuredio, popločao i dogradio sakristiju fra Franjo Komadanović. Crkvu je popločao kamenom, napravio oltare, otvorio sakristiju iznesavši glavni oltar pred zid kojeg je također ozidao. Kubeta, tupove i oltare osobno je namaljao. Nad sakristijom je napravio mali zvonik, te u isti postavio zvono. Osamdesetih godina pristupilo se popravku crkve.

U Vareš je 1884.godine prvi put došao nadbiskup dr.don Josip Stadler kako bi podijelio sakrament krizme. Stadler je razgledao crkvu i, kada se vratio u Sarajevo, predložio arhitektu Josipu Vancašu da ode u Vareš i predloži obnovu postojeće crkve. Vancaš je došao u Vareš i razgledao crkvu. Vratio se u Sarajevo i napravio plan obnove. U ljeto 1884. župnik fra Mijo Franjković je imao neke planove o popravku crkve u Varešu. Zatražio je od Ordinarijata  dozvolu da troškove može isplatiti iz crkvene kase. Nadbiskup je 9.listopada 1984.godine odgovorio: „…trošiti crkveni novac za popravak crkvene sgrade u Varešu, ovim se podjeljuje.“ Tijekom ljeta 1885.godine u Varešu su boravili arhitekti Josip Vancaš i K. Paržik s ciljem dogovora oko obnove crkve. Nakon što su se vratili u Sarajevo, arhitekti su napravili nacrte i 20.studenog 1885. poslali ih župniku s popratnim pismom. Obnova crkve se sastojala u unutarnjem izgledu i vanjskim doradama.

Dopisom od 24.prosinca 1885.godine Ordinarijat ovlašćuje  župnika da preuzme novac iz tajne kase i „da ga upotiebite na obnovu župne crkve.“ Vancaš je za izvođača radova pronašao nekog Wohlgemntoma. On ja napravio novi zvonik i popravio pročelje crkve. Međutim, izvedba plana bila je nezadovoljavajuća. Iste godine fasada na pročelju je opala pa je crkva nalikovala na ruševinu. Što taj posao nije dugotrajno i lijepo izveden, župnik je okrivio arhitektu Vancaša jer je, navodno, on nadzirao izvedbu, a župnik mu je potvrdio da je sve dobro. Vancaša je to uvrijedilo, te je ponovno došao u Vareš i napravio skice crkve  i odnio sa sobom u Sarajevo s obećanjem da će napraviti novi plan crkve. Sukob je riješen tako da je izvođač radova obećao da će izvesti nešto po planu, što je prvi put izostavio. To napisano obećanje i danas bez uspjeha čuvamo. Župnik je to zapisao „jedino toga radi, da obrazložim, zašto rekoh da što nam posao nije ni najmanje dugotrajno i liepo izveden. Želimo jedino i krivimo g. Vancaša mjerenika“

Druga crkvaZa popravljenu crkvu župnik je nabavio križeve, svijećnjake, parament itd. Njih su platili pobožni župljani. Krstionice za sve župe u Nadbiskupiji koje nisu imale naručio je nadbiskup Stadler. Na glavnom ulazu u novu crkvu, kod blagoslovljene vode, župnik je nabavio „liepo propelo i smjestio ga kod vode blagoslovljene.“ Okvir sa staklom za kip Majke Božje darovao je Mato Andrić.

Crkva je u usporedbi s onom uz rječicu Stavnju, bila barem četiri puta veća. I njezina četiri puta veća visina pružala je dojam zračnosti, svjetline i prostranosti. Ritmom svojih stupova, svojom visinom i veličinom, ova je crkva bila veliki doživljaj za ljude onoga doba, a izvana uvjerljivo govorila o ulozi vjere  kod ljudi onoga doba.

Za više fotografija kliknite ovdje